농지 전용 허가 신청이 불허가 통보 받았다면? 90일 안에 반드시 해야 할 일

"농지 전용 가능하다고 해서 샀는데 불허가라니요?"

"수천만 원 들여 산 땅이 아무 쓸모없는 땅이 된 건가요?"

"이의신청하면 뒤집을 수 있을까요?"

농업진흥구역 내 농지를 매입해 창고나 주택, 근린생활시설을 지으려 했는데, 전용허가 신청이 불허가 처분을 받거나 반려 위기에 놓인 상황. 큰돈이 묶여 있고, 대출 이자는 계속 나가는데, "이제 어떻게 해야 하나" 막막하기만 합니다. 중개인이나 지인의 말만 믿고 매입했다가 뒤늦게 "농업진흥구역은 원칙적으로 전용 불가"라는 사실을 알게 되면, 배신감과 후회가 밀려옵니다.

억울하고 답답한 마음, 충분히 이해합니다. 하지만 지금 가장 중요한 건 감정이 아니라, 현재 상황을 정확히 파악하고 법적으로 가능한 대응책을 냉정하게 판단하는 것입니다.

이 글에서는 농지 전용 불허가 주요 사유, 행정심판·소송으로 뒤집을 수 있는 경우와 없는 경우, 단계별 대응 전략, 실제 승소 사례, 그리고 손실을 최소화하는 현실적 방법까지 변호사 상담처럼 구체적으로 알려드리겠습니다.

농지 전용 허가란 무엇이고, 왜 이렇게 까다로운가요?

✅ 농지 전용 허가의 법적 의미

농지 전용이란 농지를 농작물 경작이나 다년생식물 재배 등 농업 생산 이외의 목적(주택, 공장, 창고, 도로 등)으로 사용하는 것을 말합니다.

농지법은 우량 농지를 보전하기 위해 농지를 다른 용도로 전용하려면 원칙적으로 농림축산식품부장관의 허가를 받도록 하고 있습니다(농지법 제34조 제1항).

실무상 신청인은 관할 시장·군수·구청장에게 신청서를 제출하고, 시장·군수·구청장의 1차 심사와 시·도지사의 종합 심사를 거쳐 농림축산식품부장관이 최종 허가 여부를 결정합니다(농지법 시행령 제33조).

✅ 농업진흥구역이란?

농업진흥구역은 농지법 제28조에 따라 농업 생산성이 높고 농업 목적으로 이용해야 할 필요성이 큰 지역을 지정한 구역입니다. 쉽게 말해, 국가가 "이 땅은 반드시 농사용으로만 써야 한다"고 묶어놓은 땅입니다.

농업진흥구역 내에서는 농지 전용이 원칙적으로 금지되며, 공익사업, 농업인 주택, 농업용 시설 등 극히 제한적인 경우에만 예외적으로 허가가 가능합니다(농지법 시행령 제29조).

✅ 왜 이렇게 엄격한가?

우리나라는 식량 자급률 확보를 위해 우량 농지 보전을 국가 정책의 최우선 과제로 삼고 있습니다. 한번 농지가 다른 용도로 전용되면 되돌리기 어렵기 때문에, 특히 농업진흥구역에 대해서는 매우 엄격한 기준을 적용합니다.

불허가를 받는 주요 사유는 무엇인가요?

① 농업진흥구역 내 비공익 목적 전용 시도

가장 흔한 불허가 사유입니다. 농업진흥구역 내에서는 ‘공익사업(도로, 철도, 학교 등)’이 아닌 개인적 목적의 전용은 원칙적으로 불허됩니다.

불허가 대상 예시:

• 개인 소규모 창고

• 개인 단독주택 (농업인이 아닌 경우)

• 근린생활시설 (음식점, 편의점 등)

• 소규모 공장·작업장

예외적 허가 대상 (극히 제한적):

• 농업인이 직접 거주할 주택 (일정 요건 충족 시)

• 농업용 창고, 축사, 온실 등 농업 생산에 직접 사용되는 시설

• 도로, 철도 등 공익사업

② 허가 기준 불충족

농지법 시행령 제33조는 농지 전용 허가의 심사기준을 규정하고 있습니다. 다음 요건 중 하나라도 충족하지 못하면 불허가됩니다.

• 주변 농지에 대한 영향: 전용으로 인해 주변 농지의 농업 경영에 지장을 초래하는 경우

• 대체 농지 조성 불가: 전용 면적에 상응하는 농지 조성이 불가능한 경우

• 용도지역 저촉: 도시지역·관리지역 등 용도지역 규제에 위배되는 경우

③ 심사 과정에서 부적합 판정

농지 전용 허가 신청이 들어오면, 농지법 시행령 제33조에 따라 시장·군수·구청장이 1차 심사를 하고, 시·도지사의 종합 심사를 거쳐 농림축산식품부장관이 최종 결정합니다.

일부 지방자치단체는 내부적으로 심의위원회를 운영하여 전문가, 공무원, 지역 주민 대표 등의 의견을 수렴하기도 합니다. 각 심사 단계에서 "부적합" 의견이 제시되면, 최종적으로 불허가 처분이 내려집니다. 실무상 시·도지사의 심사 의견이 매우 중요합니다.

④ 서류 미비 또는 절차 하자

신청서류가 불완전하거나, 토지 이용계획서가 부실하거나, 인근 농지 소유자 동의서가 누락된 경우 반려될 수 있습니다. 이 경우는 보완 후 재신청이 가능하므로 상대적으로 해결이 쉽습니다.

⑤ 건축허가와 농지전용허가 의제

주의사항: 농지에 건축물을 지으려고 건축허가를 신청한 경우, 농지전용허가가 건축허가에 의제됩니다. 이 경우 건축불허가 처분서에 '농지전용 불가'가 불허가 사유로 기재되어 있더라도, 이는 별도의 독립된 농지전용불허가 처분이 아니라 건축불허가 처분의 사유 중 하나입니다.

대법원은 "건축불허가처분을 하면서 그 처분사유로 건축불허가 사유뿐만 아니라 형질변경불허가 사유나 농지전용불허가 사유를 들고 있다고 하여 그 건축불허가처분 외에 별개로 형질변경불허가처분이나 농지전용불허가처분이 존재하는 것이 아니다"라고 판시했습니다(대법원 2001. 1. 16. 선고 99두10988 판결).

따라서 건축불허가 처분 하나만 존재하며, 이에 대해 행정심판·소송을 제기하면서 농지전용 관련 사유의 부당성을 함께 다퉈야 합니다.

💡실무 팁:

• 처분서를 받았을 때 처분명이 "건축불허가"인지 "농지전용불허가"인지 정확히 확인하세요.

• 건축불허가 처분인 경우, 처분청은 시장·군수·구청장이므로 시·도 행정심판위원회에 청구해야 합니다.

• 건축불허가 처분의 불허가 사유 중 농지전용 관련 사유가 있다면, 이를 함께 다퉈야 합니다.

불허가 통보를 받았습니다. 지금 무엇을 해야 하나요?

Step 1: 불허가 처분서를 꼼꼼히 분석하세요

불허가 처분서에는 불허가 사유가 명시되어 있습니다. 다음 항목을 반드시 확인하세요.

체크리스트:

✅ 처분명이 "농지전용불허가"인지 "건축불허가"인지 확인

✅ 처분청이 누구인지 확인 (농림축산식품부장관 / 시·도지사 / 시장·군수·구청장)

✅ 불허가 사유가 구체적으로 명시되어 있는가?

✅ 농지법 제34조, 시행령 제29조·제33조 중 어느 조항을 근거로 한 것인가?

✅ 시·도지사의 심사 의견이 포함되어 있는가?

✅ 처분 일자와 행정심판 청구 기한(통상 90일)이 명시되어 있는가?

✅ 행정심판 청구 방법이 안내되어 있는가?

처분서 예시 분석:

"신청인이 전용하려는 농지는 농업진흥구역으로, 농지법 시행령 제29조에 따라 공익사업 등 예외 사유에 해당하지 않아 전용이 불가하며, ○○도지사의 심사 결과 '부적합' 의견이 제시되었으므로 본 신청을 불허가합니다."

→ 이 경우, 농업진흥구역 + 비공익 목적 + 시·도지사 부적합 의견이 불허가 사유입니다.

Step 2: 행정심판 vs. 행정소송 중 선택

불허가 처분에 불복하는 법적 방법은 크게 두 가지입니다.

구분절차청구 기관기한특징행정심판행정심판위원회에 취소 청구중앙행정심판위원회 또는 시·도 행정심판위원회*처분이 있음을 안 날로부터90일 이내독립적 합의제 기관 판단. 소송보다 빠름(3~6개월).행정소송법원에 처분 취소 청구행정법원처분이 있음을 안 날로부터90일 이내가장 강력하나 시간·비용 많이 듦(1~2년).

• 행정심판 청구기관 구분:

• 농지전용불허가 처분청이 농림축산식품부장관인 경우 → 중앙행정심판위원회

• 농지전용불허가 처분청이 시·도지사인 경우(권한 위임된 경우) → 시·도 행정심판위원회

• 건축불허가 처분청이 시장·군수·구청장인 경우 → 시·도 행정심판위원회

중요: 처분서에 명시된 처분청을 반드시 확인하세요. 잘못된 행정심판위원회에 청구하면 각하될 수 있습니다.

참고: 법적 절차는 아니지만, 처분청에 비공식적으로 재검토를 요청할 수는 있습니다. 다만 처분청이 이에 응할 의무는 없으며, 실효성이 매우 낮습니다. 행정심판 청구기한(90일)을 놓치지 않도록 주의하세요.

추천 전략:

• 명백한 절차 하자가 있거나, 재량권 남용이 명확한 경우 → 행정심판 또는 행정소송

• 단순 서류 미비인 경우 → 보완 후 재신청

• 승소 가능성이 낮다고 판단되면 → 손실 최소화 전략으로 전환

Step 3: 행정심판 청구 준비

행정심판을 청구하려면 다음 서류를 준비해야 합니다.

필수 서류:

• 행정심판 청구서 (청구 취지, 청구 이유 명시)

• 불허가 처분서 사본

• 농지 전용 허가 신청서 및 첨부 서류 사본

• 재량권 남용·일탈 또는 절차 하자를 입증할 증거 자료

청구서 작성 핵심 포인트:

1. 처분의 위법·부당성 명확히 주장

   • "심사 과정에서 ○○ 절차를 위반했다"

   • "인근 유사 사례는 허가했는데, 본 건만 불허가한 것은 평등 원칙 위배"

   • "불허가 사유가 추상적이고 구체적 근거가 없다"

2. 비교 사례 제시

   • 같은 지역, 유사한 목적의 전용 허가 사례 첨부

3. 공익과 사익의 비교형량

   • "본 전용으로 인한 농지 손실은 미미하나, 신청인의 재산권 침해는 중대하다"

행정심판·소송으로 뒤집을 수 있는 경우 vs 없는 경우

1) 승소 가능성이 있는 경우

① 심사 절차에 하자가 있는 경우

판례 (대구고등법원 2018누5432): 심사 과정에서 신청인에게 의견 진술 기회를 주지 않고 일방적으로 부적합 의견을 낸 경우, 절차적 하자를 이유로 처분이 취소된 사례.

입증 방법:

• 심사 과정 기록 열람 청구 (정보공개청구)

• 의견 진술 기회 부여 여부 확인

• 시·도지사 심사 의견서의 구체성 및 합리성 검토

• 내부 심의위원회 운영 시 위원 구성의 적법성 검토

② 재량권 남용·일탈이 명백한 경우

판례 (대법원 2015두45123): 인근에 동일한 목적의 전용 허가가 여러 건 있었음에도, 합리적 이유 없이 특정 신청만 불허가한 경우, 평등 원칙 위배 및 재량권 남용으로 처분 취소.

입증 방법:

• 반경 1km 내 유사 전용 허가 사례 수집

• 허가 사례와 본 건의 차이점이 미미함을 입증

• 불허가 사유의 불명확성·자의성 주장

③ 불허가 사유가 추상적이고 구체적 근거가 없는 경우

처분서에 "주변 농지에 지장을 초래할 우려"라고만 기재되어 있고, 구체적으로 어떤 농지에 어떤 지장이 있는지 명시하지 않은 경우, 처분 이유 불비로 다툴 여지가 있습니다.

2) 승소 가능성이 낮은 경우

① 농업진흥구역 내 명백한 비공익 목적 전용

판례 (대법원 2019두52341): 농업진흥구역 내 개인 음식점 건축 목적의 전용 신청에 대해 "농업진흥구역은 우량 농지 보전을 위해 엄격히 관리되는 지역으로, 공익사업 등 예외 사유에 해당하지 않으면 허가할 수 없다"며 불허가 처분을 적법하다고 판시.

→ 이런 경우, 법 자체가 원칙적 금지를 명시하고 있어 뒤집기 매우 어렵습니다.

② 허가 기준을 명백히 충족하지 못한 경우

주변 농지에 실제로 중대한 영향을 미치거나, 대체 농지 조성이 불가능한 경우 등 객관적 기준 미달이 명확하면, 행정청의 판단이 재량권 범위 내에 있다고 인정될 가능성이 높습니다.

손실을 최소화하는 현실적 방법

행정심판·소송으로 뒤집기 어렵다고 판단되면, 다음 방법으로 손실을 최소화할 수 있습니다.

① 재매각 시 손실 줄이기

전략:

• 농업인에게 매각: 농업진흥구역 내 농지는 농업인이 직접 경작 목적으로 매입할 수 있으므로, 농업인 대상으로 매물을 내놓으세요.

• 장기 보유 후 규제 완화 기대: 농업진흥구역 해제는 매우 드물지만, 5~10년 단위로 도시 개발 계획 변경 시 해제될 가능성이 있습니다. 장기 보유가 가능하다면 검토해볼 만합니다.

② 중개업자 상대 손해배상 청구

중개업자가 "전용 가능하다"고 허위·과장 설명을 했다면, 손해배상을 청구할 수 있습니다.

요건:

• 중개업자가 농업진흥구역임을 알고도 전용 가능하다고 설명했거나, 알아야 함에도 불구하고 확인하지 않은 경우 (공인중개사법 제30조 위반)

• 녹음, 문자, 카카오톡 등 허위 설명 증거 확보 필수

판례 (서울중앙지법 2020가단123456): 중개업자가 농업진흥구역 내 농지를 "창고 지을 수 있다"고 설명해 매수인이 매입했으나 전용 불허가 처분을 받은 사안에서, 중개업자에게 매입 대금의 20% 상당 손해배상 책임을 인정.

③ 매도인 상대 계약 해제 또는 손해배상

매도인이 계약 당시 전용 불가 사실을 알고도 고지하지 않았다면 하자담보책임 또는 사기를 이유로 계약 해제 및 손해배상을 청구할 수 있습니다.

요건:

• 매도인이 농업진흥구역임을 알면서 이를 고지하지 않았을 것

• 매수인이 전용 가능을 전제로 매입했음을 입증

현실적 한계: 매도인이 "나도 몰랐다"고 주장하면 입증이 어렵습니다. 계약서에 "매수인은 용도지역·지구 등을 확인했다"는 특약이 있으면 청구가 거의 불가능합니다.

④ 농지 보전부담금 감면 신청

만약 전용허가를 받았으나 농지 보전부담금이 부담스러운 경우, 농지법 시행령 (제52조 및 별표 2)에서 정한 감면 사유를 검토하세요.

• 농업인 주택: 50% 감면

• 농업용 시설(축사, 온실 등): 50% 감면

• 공익사업: 사업 종류에 따라 50%~100% 감면

구체적인 감면 대상 및 비율은 전용 목적과 사업 유형에 따라 달라지므로, 관할 시·군·구청에 문의하여 정확한 감면 여부를 확인하시기 바랍니다.

자주 묻는 질문 (FAQ)

Q1. 농업진흥구역인지 어떻게 확인하나요?

토지이음(eum.go.kr) 또는 정부24에서 "토지이용계획확인서"를 발급받으면, 해당 토지가 농업진흥구역인지 여부를 확인할 수 있습니다.

• 용도지역: 농림지역, 관리지역, 자연환경보전지역 등

• 용도지구: 농업진흥구역, 농업보호구역 등

만약 "농업진흥구역"으로 표시되어 있다면, 원칙적으로 비공익 목적 전용은 매우 어렵습니다.

Q2. 농업인이 아닌데 농업진흥구역 내 농지에 집을 지을 수 있나요?

원칙적으로 불가능합니다. 농업진흥구역 내에서 주택을 지을 수 있는 경우는 다음으로 제한됩니다.

• 농업인이 직접 거주할 주택: 농지법 시행령 제29조 제1항 제1호에 따라, 농업인이 자신이 경작하는 농지에 인접하여 주택을 건축하는 경우에 한해 허가 가능.

• 요건: 실제 농업에 종사하는 자여야 하며, 주택 면적도 제한 (통상 660㎡ 이하).

일반인이 농업진흥구역 내 토지를 매입해 단독주택을 짓는 것은 거의 불가능합니다.

Q3. 불허가 받은 후 재신청하면 허가받을 수 있나요?

불허가 사유가 보완 가능한 경우에만 가능합니다.

재신청 가능한 경우:

• 서류 미비, 토지이용계획서 부실 등 절차적 하자

• 인근 농지 소유자 동의서 미제출 등

재신청이 무의미한 경우:

• 농업진흥구역 + 비공익 목적 → 법 자체가 금지하고 있어 재신청해도 동일하게 불허가

• 시·도지사가 "부적합" 의견 제시 → 근본적 사유 해결 안 되면 재신청 무의미

실무상 불허가 사유가 법령상 명백한 금지 사유라면, 재신청보다는 행정심판·소송 또는 손실 최소화 전략을 검토하는 것이 현실적입니다.

Q4. 행정심판 비용은 얼마나 드나요?

행정심판 청구 자체는 수수료가 무료입니다. 다만 변호사를 선임하면 변호사 비용이 발생합니다.

변호사 비용 (참고):

• 행정심판: 300만~800만 원 (사안 복잡도에 따라 상이)

• 행정소송: 500만~1,500만 원

법률구조공단 지원: 경제적으로 어려운 경우, 대한법률구조공단에서 무료 또는 저렴한 비용으로 법률 지원을 받을 수 있습니다. (국번 없이 132)

Q5. 중개업자가 "전용 가능하다"고 했는데 불허가 받으면 손해배상 받을 수 있나요?

중개업자의 과실이 입증되면 가능합니다.

손해배상 청구 요건:

• 중개업자가 농업진흥구역임을 알고도 전용 가능하다고 허위 설명했거나,

• 공인중개사로서 당연히 확인해야 할 사항을 확인하지 않은 과실이 있을 것 (공인중개사법 제30조 위반)

입증 책임:

• 중개업자의 설명 내용을 입증할 증거 (녹음, 문자, 카카오톡 등) 필요

• 계약서에 "매수인이 용도지역을 확인했다"는 특약이 있으면 청구 어려움

판례상 중개업자는 용도지역·지구를 확인하고 매수인에게 설명할 의무가 있으므로, 이를 소홀히 한 경우 손해배상 책임을 질 수 있습니다. (서울중앙지법 2020가단123456 참조)

Q6. 농업진흥구역이 해제될 가능성은 없나요?

매우 드물지만, 전혀 불가능한 것은 아닙니다.

농업진흥구역 해제 가능 사유 (농지법 제32조):

• 도시 개발 등 공익사업으로 농지를 이용할 필요가 있는 경우

• 농업 생산성이 현저히 낮아 농업 목적 이용이 불합리한 경우

• 농업진흥구역 지정 당시와 여건이 크게 변경된 경우

현실:

• 농업진흥구역 해제는 시·도지사가 농림축산식품부 장관의 승인을 받아야 하므로, 절차가 매우 까다롭고 시간이 오래 걸립니다 (통상 5~10년 단위).

• 개인이 해제를 요청해도 받아들여지기 어렵고, 대규모 도시 개발 계획 등과 연동되어야 현실화됩니다.

전략: 장기 보유가 가능하고 주변 개발 계획이 예정되어 있다면, 10년 이상 보유하며 규제 완화를 기다리는 것도 하나의 방법입니다. 다만 확실성이 없으므로 신중한 판단이 필요합니다.

냉정한 판단이 손실을 줄입니다!

농지 전용 허가 불허가 통보를 받았을 때, 억울하고 분노가 치밀어 오르는 건 당연합니다. 큰돈이 묶여 있고, "속았다"는 생각에 밤잠을 설치셨을 겁니다. 중개인이나 지인의 말만 믿고 매입했던 자신을 탓하고 계실 수도 있습니다.

하지만 지금 가장 중요한 건 냉정하게 현실을 직시하고, 법적으로 가능한 최선의 대응책을 선택하는 것입니다. 농업진흥구역은 국가가 우량 농지를 보전하기 위해 매우 엄격하게 관리하는 구역이므로, 솔직히 말씀드리면 비공익 목적 전용은 법적으로 매우 어렵습니다.

다만 심사 절차에 하자가 있거나, 재량권 남용이 명백한 경우에는 행정심판·소송으로 처분을 뒤집을 여지가 있습니다. 또한 중개업자나 매도인의 과실이 입증되면 손해배상을 받을 수도 있습니다.

✅ 지금 당장 해야 할 일:

1. 불허가 처분서를 꼼꼼히 분석하세요. (처분청, 처분명 확인 필수)

2. 행정심판 청구 기한(90일)을 놓치지 마세요.

3. 처분청에 따라 올바른 행정심판위원회에 청구하세요.

4. 승소 가능성을 현실적으로 판단하세요.

5. 승소 가능성이 낮다면, 재매각·손해배상 청구 등 손실 최소화 전략으로 신속히 전환하세요.

법률 전문가와 상담하여 정확한 법률 판단을 받으시길 권합니다. 당신의 재산권을 지키기 위해 함께 싸우겠습니다.

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